El Gran Mestro es el líder del grupo de asesinos del clan Lin Kuei, él ordena a los ninjas a entrar a una iniciativa donde cada un será automatizado y convertido a cyborg aumentando sus capacidades al máximo. Sus dos primeros proyectos son Cyrax y Sektor quienes al final pelean contra el proyecto Hydro quienes lo vencen. El Gran Maestro ordena entrar a la iniciativa a cada uno de los miembros de los Lin Kuei.
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